En 1902 debuta en el Salón Asiático de Barcelona en la obra "Lo nuvi", de José Feliú y Codina. En 1903 en el Ateneo actúa en Don Álvaro o la fuerza del sino de Ángel de Saavedra. En 1905 empieza a colaborar con "Gent Nova" de Badalona.
Debutó profesionalmente con la Compañía de Josep Santpere y en noviembre de 1906 es contratada por primera vez por el Teatro Romea de Barcelona en el papel de Blanca en la obra "Mar i Cel", de Ángel Guimerà. En 1910 formó su propia compañía, y estrenó, entre otras, las obras Andrónica y La reina joven en el Teatro Romea de Barcelona, que le dio un gran prestigio en la escena catalana.
Entre 1909 y 1916 protagonizo algunas películas, pero no volvería a reaparecer en el celuloide hasta 1938 con la película argentina “Bodas de sangre” escrita por García Lorca.
Su debut en Madrid fue en 1914 en el Teatro Español donde interpreto obras de Valle-Inclán, George Bernard Shaw, Gabriele D’Annunzio, Alejandro Casona (La sirena varada, 1934). En 1933 actuó en el Teatro romano de Mérida dando comienzo el Festival de Teatro Clásico de Extremadura. .
Con veintidós años se atrevió a representar a Salomé de Oscar Wilde, homosexual reconocido de la época.
En la obra Margarita bailó la danza de los siete velos con el vientre desnudo y aunque para los señores, el espectáculo fue todo un gusto, hubo un escándalo mayúsculo.
La obra, autor y actriz fueron tratados de impúdicos y el espectáculo fue retirado del cartel.
Pero Xirgu no se echó atrás y siguió con otras obras, orgullosa y obstinada, escandalizando a las burguesas asustadizas.
Pero sobre todo protagonizó casi todas las obras importantes del poeta Federico García Lorca de la que dijo que era su fetiche , en 1927 Mariana Pineda, con decorados de Salvador Dalí ; en 1930 “ La zapatera Prodigiosa”, en 1934 “Yerma”, en 1935 “ Doña Rosita la Soltera ” o “ El lenguaje de las flores ” y el reestreno con escenografía de Caballero de” Bodas de sangre”.
Autor y actriz-musa crearon una intensa amistad y una actitud cómplice hacia la sociedad que los aplaudía y los repudiaba dependiendo de su audacia en la transgresión de las costumbres.
Muere su marido en La Habana en 1936, poco antes del inicio de la Guerra Civil Española, y comienza una gira por Sudamérica con obras de García Lorca.
Se exilió en 1939 con la victoria franquista, viviendo en Argentina, Chile y finalmente Uruguay, representando obras de autores españoles. Volverá a casarse en 1941 con su amigo Miquel Ortín.
En 1945 estrenó en el Teatro Avenida de Buenos Aires el último drama de Lorca, La casa de Bernarda Alba.
Actuó y dirigió en la Comedia Nacional de Uruguay en el Teatro Solís de Montevideo donde obtuvo el cargo de directora de la Escuela Municipal de Arte Dramático en 1949 (que lleva su nombre). Junto a ella se formaron actores de la talla de Amelia de la Torre, Cándida Losada, Enrique Diosdado, Alberto Closas y Sancho Gracia. Obtuvo la nacionalidad uruguaya y permaneció en este país durante sus últimos veinte años de vida.
En 1988, diecinueve años después de su muerte, la Generalidad de Cataluña reclamó la repatriación de sus restos mortales, que descansan en su lugar de nacimiento en la actualidad.
Desde 1973 se otorga en su honor, el Premio Margarida Xirgú a la mejor interpretación femenina de la temporada teatral barcelonesa. El premio se entrega en su ciudad natal, Molins de Rei.
El compositor argentino Osvaldo Golijov se inspiró en la gira de Margarita Xirgu para su ópera de cámara “Ainadamar “en 2004.